Después de mucho tiempo vuelvo con un problema que he detectado con mi WSUS, el problema concretamente era después de aplicar el parche KB3159706 en el servidor que tenia el rol de WSUS. Este dejaba de funcionar aleatoriamente y tenia que reiniciar el servicio IIS.
El error:
Para poderlo solucionar seguí lo que indica Microsoft en el siguiente artículo.
https://support.microsoft.com/es-es/kb/3159706